Отдел учета и анализа медицинских услуг
С первого дня функционирования больницы работу по выдачи справок, листков нетрудоспособности, организации работы по приглашению консультантов из других учреждений здравоохранения, транспортировки больных на обследование, доставку гистологических, цитологических анализов проводил оперативный отдел.
В 2015г. подразделение переименовано в «Отдел учета и анализа медицинских услуг». В настоящее время коллективом руководит врач организатор здравоохранения высшей квалификационной категории, заслуженный врач РБ Гатиятов Альфрид Хафизович. С течением времени деятельность дополнилась работой со страховыми компаниями, организацией долечивания больных непосредственно после стационарного лечения в санаториях Зеленая Роща и Юматово.
Отдел компьютерно-информационных технологий
История создания отдела автоматизированных систем управления (АСУ) в Больница скорой медицинской помощи началась с закупки первого персонального компьютера в 1996г для ввода сведений в базу данных. В том же году и был создан отдел под руководством Судницыной Людмилы Александровны. Начальник службы ГО и ЧС разработал программное обеспечение (ПО). Отделом АСУ было проведено автоматизирование, введено новое ПО.
Отдел АСУ в октябре 2012 года был переименован в отдел компьютерно-информационных технологий, возглавил его Ошнуров Андрей Михайлович. Была проведена комплексная модернизация компьютерного парка, серверов и оргтехники в учреждении. В дальнейшем разработана единая система управления компьютерным парком. В 2013г. в прикладное морально устаревшее ПО бухгалтерии был внедрен ряд программных комплексов, такие как «1С: Бухгалтерия», «Флагман», «Гарант». С 2014г. КИТ руководит Гареев Руслан Аликович. 
Задачи отделала КИТ - это создание новых корпоративных сетей передачи данных с применением оптоволоконного кабеля, обеспечивающие надежный и защищенный доступ пользователей ко всем разрешенным сетевым и информационным ресурсам, исключающим потери информации. Также нужно создать инфраструктуру для надежного и высокоэффективного выполнения прикладных задач с обеспечением масштабируемости информационной системы.
Организационно-методический отдел
Кабинет медицинской статистики ГБУЗ РБ БСМПг. Уфа открыт 1 июня 1992 года. Заведующей была назначена Ширяева Амина Саниевна. По мере открытия новых отделений объем работы увеличивался и с 01.01.1994 года кабинет медицинской статистики был переименован в организационно методический отдел. В его состав входили: кабинет медицинской статистики, медицинский архив, кабинет медицинской профилактики, библиотека. С 2001 года отдел возглавила врач высшей квалификационной категории Романова Елена Петровна. С 2012-2015гг организационно-методическим отделом руководила заместитель главного врача по организационно-методической работе, кандидат медицинских наук, заслуженный врач РБ Валеева Рита Наильевна. С 2019 года отдел возглавляет заведующая организационно-методическим отделом, врач-педиатр высшей квалификационной категории Глимшина Гузель Ильдусовна.
Отдел обеспечивает взаимодействие между отделениями в вопросах создания нормативно-правовой базы по объемам и видам оказываемых медицинских услуг в соответствии с законодательством МЗ РФ. Координирует ведение мониторингов, перспективного и текущего планирования. С целью совершенствования учета и отчетности в стационаре в работе ОМО с января 1995 года используются компьютеры IBM PC.Для составления реестров медицинских услуг создана локальная компьютерная сеть между приемным отделением, ОМО, экономическим отделом. Используется единая программа «Промед» для ведения учета, составления статистической отчетности и реестров медицинских услуг, что способствует более качественному, полному и своевременному сбору информации. Проводится работа по обеспечению структурных подразделений больницы необходимыми формами первичной медицинской документации, Основной задачей специалистов отдела является сбор и анализ статистического материала о деятельности учреждения в объеме программы отчетных документов. 
В связи с открытием в 2009 году на базе БСМП Регионального сосудистого центра (РСЦ № 1) в отделе ведется большая информационно-аналитическая работа. Ежедневно обрабатывается информация о выбывших из РСЦ № 1 пациентах, проводится инструктаж специалистов структурных подразделений, входящих в состав Центра о правилах ведения учётных форм. Данные вносятся в «Федеральный регистр стационарного больного с ОНМК», «Федеральный регистр больного с ОКС», «Регистр инсульта – территориально-популяционная программа». Ведутся мониторинги, анализируются статистические показатели отделений РСЦ № 1, проводится оценка медико-демографических показателей, характеризующих работу первичных сосудистых отделений (ПСО) курируемых Центром. ОМО оказывает организационно-методическую и практическую помощь структурным подразделениям ГБУЗ РБ БСМП г.Уфа по вопросам формирования статистической отчетности, организации медико-профилактической работы с населением (организация работы лекториев, школ здоровья, семинаров, Акций и других массовых мероприятий для различных групп населения по вопросам сохранения и укрепления здоровья, профилактике острых сосудистых заболеваний). Кроме того, проводится подбор материала для конкурсных работ, статей в периодические издания, докладов для выступлений в СМИ.
Отдел управления и экспертизы качества оказания медицинской помощи
Отдел управления и экспертизы качества оказания медицинской помощи (далее Отдел) создан в 2013 году, является структурным подразделением ГБУЗ РБ БСМП г. Уфа. Осуществляет деятельность по организации планомерной работы по экспертизе качества медицинской помощи в соответствии с нормативными актами Правительства РФ и РБ, Минздрава России и РБ. Отдел руководствуется Конституцией Российской Федерации и Республики Башкортостан, федеральными конституционными законами и законами Республики Башкортостан, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации и Президента Республики Башкортостан, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации и Республики Башкортостан, приказами Министерства здравоохранения Российской Федерации и Минздрава РБ. Отдел возглавляет Захарченко Николай Игоревич.
Целью создания Отдела является организация и проведение плановых работ по непрерывному улучшению качества медицинской помощи, оказываемой пациентам на базе ГБУЗ РБ БСМП г.Уфа. Основные задачи: - организация и осуществление планомерной деятельности по сбору и обобщению информации о качестве медицинской помощи и безопасности медицинской деятельности; - организация порядка внутреннего контроля качества медицинской помощи и безопасности медицинской деятельности; - плановая и тематическая экспертиза медицинских карт стационарного больного на трех уровнях внутреннего контроля, экспертиза медицинских карт иногородних пациентов, контроль за ведением учетных форм журналов отделениями; - контроль за соблюдением сроков лечения, согласно утвержденным федеральным стандартам; - контроль за назначением лекарственных препаратов сверх утвержденного Перечня и сверх стандартов; - проведение семинаров с врачами по результатам проверок, экспертиз, при подготовке к введению новых форм и видов работы; - ведение учета и формирование отчетности о деятельности ГБУЗ РБ БСМП г. Уфа в области качества.
С 2013 года в ГБУЗ РБ БСМП г.Уфа внедрена единая технология контроля и управления качеством медицинской помощи, разработаны и изданы нормативные, методические документы, регулирующих деятельность по внутреннему контролю и управлению качества медицинской помощи в ГБУЗ РБ БСМП г. Уфа. А с 2014 года проводится большая работа по внедрению федеральных стандартов медицинской помощи, клинико-статистических групп, критериев и индикаторов качества медицинской помощи при различных заболеваниях и видах помощи. Постоянно в ходе работы осуществляется взаимодействиет по вопросам качества с Минздравом РБ, территориальным управлением фонда ОМС, страховыми медицинскими организациями и профессиональными медицинскими ассоциациями, общественными организациями по защите прав пациентов. Ежегодно проводятся обучение медицинских работников по вопросам контроля и управления качеством.
.